Красная шхуна символизирует шхуну «Восток», которая доставила первых поселенцев — основателей поста Тихменево. Синие волны указывают на географическое положение Поронайска в устье реки Поронай, давшей название городу и району, и на морском побережье одновременно. 5 июня 1946 года был образован Поронайский район в составе Южно-Сахалинской области Хабаровского края. 2 января 1947 года Южно-Сахалинская область была ликвидирована, ее территория включена в состав Сахалинской области, которая была выведена из состава Хабаровского края. В 1963-1965 годах был упразднён. В 1965 году из состава района был выделен Смирныховский район, в 1996 году посёлок городского типа Вахрушев стал самостоятельным муниципальным образованием. В июне 2006 года Поронайский район преобразован в муниципальное образование Городской округ «Поронайский».
